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後來又加封滿桂為右都督，陰子副千户，世襲，最後再加封滿桂為左都督，此年滿桂三十二歲。寧遠大捷一役造成了好的後果，但也造成了明軍將領間不和的開始，更間接的影響了遼東的大局演變。
此戰中，滿桂多次受到天啓帝的封賞，其他的將領卻封賞不足，於是開始羨慕嫉妒記恨疏遠滿桂，認為寧遠大捷不是滿桂一個人的，為何朝廷只重賞他一個人呢？
寧遠大捷之前，滿桂和趙率教的關係非常不錯，常有往來、英雄相惜，但是寧遠之戰的時候，趙率教以各種理由為搪
沒有親自率兵前來援救寧遠。
如果不是滿桂和袁崇煥死守住了寧遠，寧遠早就被後金攻下了，於是滿桂從此很記恨趙率教在萬難之中沒有來救援自己、滿桂和趙率教開始因為這件事情互相指責起來。
將領之間的不和越來越發展嚴重，袁崇煥也開始和滿桂不和起來，還向朝廷上疏請朝廷把滿桂
調到別的兵鎮，以免影響遼東的大局。
朝廷無法調和以後，只得把滿桂於同年閏六月以原職在中軍府辦理僉書的事務，而關外的事權都
給了趙率教。此事最後各方拉拉扯扯不好收場，當時的督師王之臣也調解不了。
朝廷把滿桂調離關外以後，袁崇煥在關外獨自難以支撐局勢，寸步難行，同時也想着以大明的大局為重，於是又向朝廷上疏請求調滿桂回來鎮守山海關。正合天啓帝的意思，於是朝廷命令滿桂掛印移鎮山海關，同時天啓帝還任命滿桂兼任統領關外四路及燕河、建昌等地的駐軍。
接着又賜下尚方寶劍給滿桂，大明皇帝的對滿桂的這份敬愛一直延續到崇禎二年滿桂英勇戰死的那一刻…
時間到了天啓七年，也就是天啓帝生命的最後一年，後金不甘心去年的失敗，於五月再次出兵十萬餘同時進攻錦州和寧遠。
身在山海關的滿桂知道了以後，立即親率手下的明軍前去救援，在寧遠城外與後金軍展開血戰，擊穿了後金包圍寧遠的重圍而進入了寧遠城中。
這個時候，城中的袁崇煥終於對滿桂的大仁大義敬佩萬分，兩人捐棄前嫌、大義釋然、開懷大笑起來。
共同商議如何抵禦兇猛的後金軍。滿桂部進入寧遠不久，後金大軍支援過來重新包圍了寧遠城，滿桂和袁崇煥商議，自己率兵出城
戰後金軍，讓袁崇煥死守寧遠城，接着。
滿桂親率副將尤世威和明軍出城硬抗後金的八旗兵，血戰數個時辰，袁崇煥在城上用大炮配合，滿桂身負重傷終於擊退後金大軍，等後金大軍一退，滿桂自己也倒在了戰場的血泊中，袁崇煥
淚滿面的趕出城來把滿桂接入城中醫治。
朝廷知道寧錦大捷的消息以後，大加讚賞滿桂的忠義，加封滿桂為太子太師，世陰錦衣僉事。袁崇煥被彈劾以後，接任的督師王之臣十分推崇滿桂，上疏請朝廷再次派滿桂鎮守寧遠，以擋後金兇猛的八旗兵。
這時，蒙古的許多部落發生分崩離析和內亂不止，滿桂和督師王之臣趁機收納了十幾萬蒙古人歸順明軍，從中又挑選出數萬
鋭效命朝廷，朝廷再次讚揚滿桂的卓越功勳，此年滿桂三十三歲。
還是在天啓七年，重病在身可憐兮兮的天啓帝於八月終於沒有
過去而駕崩了，信王朱由檢在各方角逐的因素下即帝位，接下了大明朝這個爛攤子。天啓帝駕崩的天啓七年和崇禎元年這一年多的時間裏，發生了嚴重影響遼東局勢的事情。
剛剛即帝位的崇禎帝只是一個懵懵懂懂的孩子，在大臣們的慫恿下也開始向各方手握重兵的將領顯示皇威起來。
崇禎帝下詔告誡遼東督師王之臣不要再蹈袁應泰和王化貞的覆轍，還連帶批評滿桂一意合自己的上司王之臣的主意不好。
滿桂顫抖着接下這份聖旨以後，心中不平有苦難言，於是上疏朝廷想要告病解職還鄉宣府老家，從此不再帶兵。
朝廷和崇禎帝知道了以後，沒有批准滿桂的請求，因為朝廷只想在手握重兵的封疆大吏面前耍耍皇威，遼東甚至全國各地的大局，還是要靠這些能征慣戰知兵懂兵的人才去鎮守的。