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后来又加封
桂为右都督，
子副千户，世袭，最后再加封桂为左都督，此年桂三十二岁。宁远大捷一役造成了好的后果，但也造成了明军将领间不和的开始，更间接的影响了辽东的大局演变。
此战中，桂多次受到天启帝的封赏，其他的将领却封赏不足，于是开始羡慕嫉妒记恨疏远桂，认为宁远大捷不是桂一个人的，为何朝廷只重赏他一个人呢？
宁远大捷之前，桂和赵率教的关系非常不错，常有往来、英雄相惜，但是宁远之战的时候，赵率教以各种理由为搪
没有亲自率兵前来援救宁远。
如果不是桂和袁崇焕死守住了宁远，宁远早就被后金攻下了，于是桂从此很记恨赵率教在万难之中没有来救援自己、桂和赵率教开始因为这件事情互相指责起来。
将领之间的不和越来越发展严重，袁崇焕也开始和桂不和起来，还向朝廷上疏请朝廷把桂
调到别的兵镇，以免影响辽东的大局。
朝廷无法调和以后，只得把桂于同年闰六月以原职在中军府办理佥书的事务，而关外的事权都
给了赵率教。此事最后各方拉拉扯扯不好收场，当时的督师王之臣也调解不了。
朝廷把桂调离关外以后，袁崇焕在关外独自难以支撑局势，寸步难行，同时也想着以大明的大局为重，于是又向朝廷上疏请求调桂回来镇守山海关。正合天启帝的意思，于是朝廷命令桂挂印移镇山海关，同时天启帝还任命桂兼任统领关外四路及燕河、建昌等地的驻军。
接着又赐下尚方宝剑给桂，大明皇帝的对桂的这份敬
一直延续到崇祯二年桂英勇战死的那一刻…
时间到了天启七年，也就是天启帝生命的最后一年，后金不甘心去年的失败，于五月再次出兵十万余同时进攻锦州和宁远。
身在山海关的桂知道了以后，立即亲率手下的明军前去救援，在宁远城外与后金军展开血战，击穿了后金包围宁远的重围而进入了宁远城中。
这个时候，城中的袁崇焕终于对桂的大仁大义敬佩万分，两人捐弃前嫌、大义释然、开怀大笑起来。
共同商议如何抵御凶猛的后金军。桂部进入宁远不久，后金大军支援过来重新包围了宁远城，桂和袁崇焕商议，自己率兵出城
战后金军，让袁崇焕死守宁远城，接着。
桂亲率副将尤世威和明军出城硬抗后金的八旗兵，血战数个时辰，袁崇焕在城上用大炮配合，桂身负重伤终于击退后金大军，等后金大军一退，桂自己也倒在了战场的血泊中，袁崇焕
泪面的赶出城来把桂接入城中医治。
朝廷知道宁锦大捷的消息以后，大加赞赏桂的忠义，加封桂为太子太师，世锦衣佥事。袁崇焕被弹劾以后，接任的督师王之臣十分推崇桂，上疏请朝廷再次派桂镇守宁远，以挡后金凶猛的八旗兵。
这时，蒙古的许多部落发生分崩离析和内
不止，桂和督师王之臣趁机收纳了十几万蒙古人归顺明军，从中又挑选出数万
锐效命朝廷，朝廷再次赞扬桂的卓越功勋，此年桂三十三岁。
还是在天启七年，重病在身可怜兮兮的天启帝于八月终于没有
过去而驾崩了，信王朱由检在各方角逐的因素下即帝位，接下了大明朝这个烂摊子。天启帝驾崩的天启七年和崇祯元年这一年多的时间里，发生了严重影响辽东局势的事情。
刚刚即帝位的崇祯帝只是一个懵懵懂懂的孩子，在大臣们的怂恿下也开始向各方手握重兵的将领显示皇威起来。
崇祯帝下诏告诫辽东督师王之臣不要再蹈袁应泰和王化贞的覆辙，还连带批评桂一意合自己的上司王之臣的主意不好。
桂颤抖着接下这份圣旨以后，心中不平有苦难言，于是上疏朝廷想要告病解职还乡宣府老家，从此不再带兵。
朝廷和崇祯帝知道了以后，没有批准桂的请求，因为朝廷只想在手握重兵的封疆大吏面前耍耍皇威，辽东甚至全国各地的大局，还是要靠这些能征惯战知兵懂兵的人才去镇守的。